La MDPH est un Groupement d’Intérêt Public (GIP) qui rassemble la Collectivité européenne d’Alsace, l’État (Préfecture, Rectorat) et les organismes de sécurité sociale (CAF, CPAM, CARSAT). Les instances de décisions de la MDPH Alsace sont placées sous la présidence du Président de la Collectivité européenne d'Alsace.
2 instances de décision existent à la MDPH :
- la Commission Exécutive (COMEX) qui définit la politique générale de la MDPH Alsace et en assure sa gestion.
- la Commission des Droits et de l’Autonomie des Personnes en situation de Handicap (CDAPH) qui rend toutes les décisions pour chacune des personnes en situation de handicap ayant déposé une demande d’aides.